生成したクッキーはCKResponse#add_cookieでCKResponseオブジェクトに追加します。クッキーを置き換えるのではなく、以前に設定したクッキーはそのままに新しいクッキーを追加していくことになります。
cookie = CKCookie( 'name' ) application.response.add_cookie( cookie )